FISICA INFORMATICA E STATISTICA MEDICA - canale 3

Anno accademico 2020/2021 - 1° anno
Docenti Crediti: 10
Organizzazione didattica: 250 ore d'impegno totale, 180 di studio individuale, 70 di lezione frontale
Semestre:
ENGLISH VERSION

Obiettivi formativi

  • FISICA

    L’obiettivo principale, oltre la naturale rivisitazione del metodo scientifico in termini di linguaggio, modelli e rappresentazione dei fenomeni meccanici, termici, elettromagnetici e le implicazioni quantomeccaniche a livello atomico e nucleare, è rappresentato dalla consapevole appropriazione da parte dell’allievo delle capacità descrittive e predittive della fisica applicata a fenomeni propri dei sistemi biologici. È obiettivo specifico l’acquisizione di principi fisici di base delle principali tecniche diagnostiche e terapeutiche il cui impiego occupa un ruolo di crescente rilevanza nella medicina moderna. I temi di maggiore interesse sono la meccanica dei fluidi con cenni alle implicazioni emodinamiche, la meccanica ondulatoria con specifici sviluppi relativi al suono, alla funzione uditiva ed all’impiego degli ultrasuoni in medicina, l’ottica della visione, l’interazione radiazione-materia con particolare riguardo alle radiazioni ionizzanti, la loro generazione, il loro impiego, gli effetti biologici con elementi di dosimetria e radioprotezione.

  • INFORMATICA

    Obiettivo del corso è l’acquisizione di metodi per l’analisi di sequenze e strutture biologiche e per la ricerca in database biologici (es. geni, sequenze, domini funzionali). Partendo da sequenze primarie di acidi nucleici o proteine è possibile ipotizzarne la funzione, la storia evolutiva e la struttura. Gli strumenti utilizzati per raggiungere questi obiettivi sono i database pubblici e i programmi di analisi e visualizzazione.

    1. Conoscenza e capacità di comprensione (knowledge and understanding): Gli studenti acquisiranno una conoscenza sui metodi per l’analisi di sequenze biologiche e per la ricerca in database biologici. In particolare approfondiranno la ricerca su database di sequenze, di domini, ed una buona familiarità con i database pubblici e i programmi di analisi e visualizzazione. Infine gli studenti potranno acquisire gli strumenti di base per l'analisi del trascrittoma.
    2. Capacità di applicare conoscenza e comprensione (applying knowledge and understanding): identificare gli strumenti idonei per manipolare i dati ed estrare la conoscenza sottostante; risolvere problemi attraverso l'uso di software opportuni in ambito bioinformatico.
    3. Autonomia di giudizio (making judgements): Attraverso le esercitazioni guidate, gli studenti acquisiranno le competenze di base necessarie per affrontare l'analisi di nuove sequenze biologiche, ipotizzandone la funzione, studiare il trascrittoma.
    4. Abilità comunicative (communication skills): lo studente acquisirà le necessarie abilità comunicative e di appropriatezza espressiva nell'impiego del linguaggio tecnico nell'ambito generale dell’analisi dei dati biologici.
    5. Capacità di apprendimento (learning skills): il corso si propone, come obiettivo, di fornire allo studente le necessarie metodologie di base teoriche e pratiche per poter affrontare e risolvere autonomamente problemi nell’ambito dell’analisi dei dati biologici.
  • STATISTICA MEDICA

    Il corso si propone di introdurre lo studente ai principi elementari della ricerca in medicina, dove l’oggetto di studio non è un singolo individuo ma un collettivo.

    Gli studenti acquisiranno la capacità di comprendere anche articoli di letteratura con esempi concreti applicati alla pratica clinica

    Lo studente acquisirà la conoscenza delle principali tematiche di statistica medica di interesse per il corso di laurea. In particolare acquisirà conoscenze dei principali modelli e teoremi di statistica medica e di applicarli correttamente alla descrizione qualitativa e quantitativa di casi reali mediante verifica delle ipotesi.

    Lo studente, inoltre, acquisirà capacità di ampliare ed approfondire le tematiche di statistica medica e le sue applicazioni in modo autonomo.


Modalità di svolgimento dell'insegnamento

  • FISICA

    L'insegnamento prevede lezioni frontali e test di verifica in ingresso, in itinere e alla fine dell'intero corso.

    Qualora l'insegnamento venisse impartito in modalità mista o a distanza potranno essere introdotte le necessarie variazioni rispetto a quanto dichiarato in precedenza, al fine di rispettare il programma previsto e riportato nel syllabus.

  • INFORMATICA

    L'insegnamento si svolgerà principalmente mediante lezioni frontali con commistione di teoria ed esercitazioni pratiche.

    Qualora l'insegnamento venisse impartito in modalità mista o a distanza potranno essere introdotte le necessarie variazioni rispetto a quanto dichiarato in precedenza, al fine di rispettare il programma previsto e riportato nel syllabus.

  • STATISTICA MEDICA

    Lezioni frontali con l'utilizzo di materiale multimediale (presentazioni ppt)

    Durante il corso delle lezioni è possibile intervenire con domande e richieste di chiarimento e partecipare alle esercitazioni.


Prerequisiti richiesti

  • FISICA

    Argomenti dei programmi di Matematica e Fisica previsti per la prova di ammissione.

  • INFORMATICA

    Conoscenze di base sull'utilizzo del computer e sulla navigazione in internet.

  • STATISTICA MEDICA

    Conoscenze base di matematica tipiche dei programmi delle scuole superiori.


Frequenza lezioni

  • FISICA

    Obbligatoria.

  • INFORMATICA

    La frequenza alle lezioni è obbligatoria.

  • STATISTICA MEDICA

    Obbligatoria


Contenuti del corso

  • FISICA

    Grandezze fisiche e loro misura - Grandezze fisiche, unità e sistemi di misura, equazioni dimensionali. Strumenti di misura. Errori sistematici ed errori casuali. Media e deviazione standard. Relazioni funzionali e rappresentazioni grafiche. Grandezze scalari e vettoriali. Operazioni tra vettori.

    Richiami di meccanica e nozioni di Biomeccanica - Cinematica. Moto circolare e moto armonico. Quantità di moto. Principi della dinamica. Lavoro. Energia. Potenza e rendimento. Momento. Statica. Elasticità. Statica fisiologica. Fratture ossee (generalità).

    Richiami sui fluidi e applicazioni nei sistemi biologici – Densità. Viscosità. Pressione idrostatica. Statica dei fluidi. Legge di Stevino. Principio di Pascal. Principio di Archimede. Fleboclisi. Trasfusione. Prelievo. Drenaggio. Dinamica dei liquidi ideali. Teorema di Bernoulli. Aneurisma e stenosi. Liquidi reali. Relazione di Poiseuille. Resistenza idraulica. Sfigmomanometria.

    Onde e radiazioni – Fenomeni ondulatori. Periodo e frequenza. Ampiezza ed energia. Onde meccaniche. Il suono. Intensità del suono. Pressione sonora e decibel. Curve isofoniche. Fonendoscopio. Ultrasuoni in medicina. Le onde elettromagnetiche. Lo spettro elettromagnetico. Occhio e visione a colori. Le radiazioni in diagnostica e in terapia. Diagnostica con raggi X. Radioisotopi e medicina nucleare. Radioterapia. Effetti biologici delle radiazioni ionizzanti. Cenni di dosimetria e radioprotezione.

  • INFORMATICA

    Il corso è organizzato in lezioni che prevedono una base teorica affiancata a esercitazioni i per l’apprendimento dell’uso di programmi di analisi e visualizzazione dei risultati.

    PROGRAMMA

    1. Introduzione
    2. Allineamento Pairwise e Multiplo
    3. Banche Dati Biologiche: Banche Dati Generali (NCBI, EMBL), Banche Dati Speciali (OMIM, CIVIC, Drugbank, KEGG Pathway)
    4. Strumenti per l'analisi del Trascrittoma: Microarray, Next Generation Sequencing, Analisi del trascrittoma: Biomarcatori
  • STATISTICA MEDICA

    Il disegno sperimentale
    Misura e errori
    La variabilità dei dati biologici, clinici e di laboratorio
    Carattere statistico delle osservazioni. Raccolta, classificazione, trasformazione e rappresentazione grafica dei dati.

    Presentazione di una casistica; tabelle di contingenza;
    Distribuzioni di frequenza; istogrammi; diagrammi a scatola e baffi.
    Indici di posizione: le medie (aritmetica, geometrica, armonica), moda, mediana, quartili, percentili
    Indici di variabilità: intervallo di variazione, devianza, varianza, deviazione standard, coefficiente di variazione

    Introduzione alle distribuzioni di probabilità
    Applicazione in campo biomedico della probabilità: teorema di Bayes.
    Test diagnostici: Sensibilità, specificità e valori predittivi
    Distribuzione normale (o di Gauss). La variabile normale standardizzata e sua distribuzione di probabilità

    Problemi generali e metodi di campionamento, errori di campionamento.
    Stima dei parametri di una popolazione: Intervalli di confidenza di medie

    Test di significatività statistica: ipotesi nulla, errore di I e II tipo, livello di significatività, valore P e potenza di un test statistico
    Scelta dei test statistici. Test parametrici e non parametrici per dati indipendenti e dipendenti.
    Test z e test t su una media campionaria
    Test t di Student per dati appaiati e per dati non appaiati
    Analisi della varianza ad uno o due criteri di classificazione (ANOVA per dati appaiati e non appaiati). Test di Student-Newman-Keuls per confronti multipli
    Test non parametrici per dati non appaiati (test sulla somma dei ranghi) et per dati appaiati (test dei ranghi con segno di Wilcoxon). Test di Kruskal-Wallis. Test di Friedman
    Test del Chi-quadro
    Correlazione e regressione
    Misure di associazione: Odds Ratio e Rischio Relativo


Testi di riferimento

  • FISICA

    Scannicchio D., Fisica Biomedica, EdiSES, 2013

    Davidson R.C., Metodi Matematici per un Corso introduttivo di Fisica ‐ EdiSes, 2013

  • INFORMATICA
    • Anna Tramontano “Bioinformatica”, Zanichelli
    • Krane, Raymer. “Fondamenti di Bioinformatica” Pearson
    • Jambeck, Gibas “Developing Bioinformatics Computer Skills, O'Reilly
    • Pascarella-Paiardini “Bioinformatica” Zanichelli
  • STATISTICA MEDICA
    • BIOSTATISTICA, M. Pagano - K. Gauvreau, Editore: Idelson-Gnocchi
    • LE BASI DELLA STATISTICA per scienze Bio-Mediche, Swinscow TDV, Campbell MJ, Editore Minerva Medica

Programmazione del corso

FISICA
 ArgomentiRiferimenti testi
1Grandezze fisiche, unità e sistemi di misura, equazioni dimensionali.Scannicchio cap.1 
2Strumenti di misura. Errori sistematici ed errori casuali.Scannicchio Appendice A 
3Relazioni funzionali e rappresentazioni grafiche.Scannicchio Appendice A 
4Grandezze scalari e vettoriali. Operazioni tra vettori.Scannicchio cap.1 
5Cinematica. Moto circolare e moto armonico. Quantità di moto.Scannicchio capp. 2-3 
6Principi della dinamica. Lavoro. Energia. Potenza e rendimento.Scannicchio cap. 3 
7Momento. Statica. Elasticità.Scannicchio cap.4 
8Statica fisiologica. Fratture ossee.Scannicchio cap.5 
9Densità. Viscosità. Pressione idrostatica.Scannicchio cap.6 
10Statica dei fluidi. Legge di Stevino. Principio di Pascal. Principio di Archimede.Scannicchio cap.6 
11Fleboclisi. Trasfusione. Prelievo. Drenaggio.Appunti del docente 
12Dinamica dei liquidi ideali. Teorema di Bernoulli. Aneurisma e stenosi.Scannicchio cap.7 
13Liquidi reali. Relazione di Poiseuille. Resistenza idraulica. Sfigmomanometria.Scannicchio cap.7 
14Fenomeni ondulatori. Periodo e frequenza. Ampiezza ed energia.Scannicchio cap.12 
15Onde meccaniche. Il suono. Intensità e pressione sonora. Ultrasuoni e applicazioni.Scannicchio cap.13 
16Curve isofoniche. Fonendoscopio.Appunti del docente 
17Le onde elettromagnetiche. Lo spettro elettromagnetico. Occhio e visione a colori.Scannicchio cap.24 
18Le radiazioni in diagnostica e in terapia. Diagnostica con raggi X. Radioisotopi e medicina nucleare.Scannicchio cap.25 
19Radioterapia. Effetti biologici delle radiazioni ionizzanti. Cenni di dosimetria e radioprotezione.Scannicchio capp.26-27 
INFORMATICA
 ArgomentiRiferimenti testi
1Introduzione alla bioinformatica: tipi di dati, problemi, strumenti.materiale didattico fornito dal docente 
2Allineamento pairwise e multiplo: concetti di base, teoria sull'allineamento, formati, algoritmo BLAST e ClustalWmateriale didattico fornito dal docente 
3Attività pratica sull'allineamento di sequenzemateriale didattico fornito dal docente 
4Banche dati biologiche generali: NCBI (Gene, Nucleotide, Protein, SNP, Pubmed), Uniprotmateriale didattico fornito dal docente 
5Banche dati biologiche per la medicina: OMIM, Kegg Pathway, CIVIC, Drugbankmateriale didattico fornito dal docente 
6Altre banche dati biologichemateriale didattico fornito dal docente 
7Attività pratica sulle banche dati biologichemateriale didattico fornito dal docente 
8Cenni sull'analisi del trascrittomamateriale didattico fornito dal docente 
STATISTICA MEDICA
 ArgomentiRiferimenti testi
1Il disegno sperimentale Misura e errori cap. 1 - cap. 22 - cap. 2: 2.1 
2Raccolta, classificazione, trasformazione e rappresentazione grafica dei daticap. 2: 2.2, 2.3  
3Distribuzioni di frequenza, Indici di posizione e di variabilitàcap. 3 
4Introduzione alle distribuzioni di probabilità Applicazione in campo biomedico della probabilità: teorema di Bayes. Test diagnostici: Sensibilità, specificità e valori predittivicap. 6 
5Distribuzione normale (o di Gauss). La variabile normale standardizzata e sua distribuzione di probabilitàcap. 7 
6Stima dei parametri di una popolazione: Intervalli di confidenza di mediecap. 8 - cap. 9 
7Test di significatività statistica: ipotesi nulla, errore di I e II tipo, livello di significatività, valore P e potenza di un test statistico Scelta dei test statistici. Test parametrici e non parametrici per dati indipendenti e dipendenticap. 10  
8Test z e test t su una media campionaria Test t di Student per dati appaiati e per dati non appaiati Analisi della varianza ad uno o due criteri di classificazione (ANOVA per dati appaiati e non appaiati). Test di Student-Newman-Keuls per confronti multiplicap. 11 - cap.12 
9Test non parametrici per dati non appaiati (test sulla somma dei ranghi) et per dati appaiati (test dei ranghi con segno di Wilcoxon). Test di Kruskal-Wallis. Test di Friedman Test del Chi-quadrocap. 13 - cap.15: 15.1, 15.2 
10Correlazione e regressionecap. 17 - cap. 18 
11Misure di associazione: Odds Ratio e Rischio Relativocap. 15: 15.3 

Verifica dell'apprendimento

Modalità di verifica dell'apprendimento

  • FISICA

    La valutazione delle conoscenze acquisite viene realizzata in due fasi: una prova scritta seguita da un colloquio.

    La prova scritta consiste di domande a scelta multipla, domande aperte e problemi sugli argomenti trattati a lezione con particolare attenzione a quelli riguardanti le applicazioni della fisica alla medicina. Le risposte alle domande e le soluzioni devono essere opportunamente commentate e giustificate.

    La prova orale consiste nella discussione dello svolgimento della prova scritta e, insieme ai colleghi degli altri moduli del Corso Integrato, su argomenti delle tre discipline. Generalmente si tratta di 3 domande su altrettanti argomenti delle 3 discipline.

    La verifica dell’apprendimento potrà essere effettuata anche per via telematica, qualora le condizioni lo dovessero richiedere.

  • INFORMATICA

    L'esame finale consiste in una prova scritta ed un colloquio orale.

    La prova scritta è costituita da esercizi e domande di teoria a risposta aperta (in totale 11) per la durata di 1 ora.

    Chi non supera la prova scritta, non può sostenere l'orale. La prova scritta può essere visionata prima delle prove orali.

    Salvo diversa comunicazione l'esame scritto si svolge alle ore 9:00

    Note:

    • Per sostenere gli esami è obbligatorio prenotarsi utilizzando l'apposito modulo del portale studenti.
    • Non sono ammesse prenotazioni tardive tramite email. In mancanza di prenotazione, l'esame non può essere verbalizzato.
    • La verifica dell’apprendimento potrà essere effettuata anche per via telematica, qualora le condizioni lo dovessero richiedere.
  • STATISTICA MEDICA

    Prova scritta con 5 domande a risposta multipla (2 punti per risposta esatta, 10/30) e 5 esercizi (4 punti per esercizio, 20/30)


Esempi di domande e/o esercizi frequenti

  • FISICA

    Esercizio 1.

    Se il momento risultante agente su una massa è nullo, è necessariamente nulla anche la risultante delle forze che agiscono su tale massa?

    A-Si C-dipende dalla densità
    B-no D-dipende dalla massa

    Esercizio 2.

    La dose consigliata di un certo medicinale è di 30 gocce al giorno, che corrispondono a 3 milligrammi di principio attivo. Sapendo che la concentrazione del principio attivo è di 2,5 milligrammi per millilitro, qual è il volume di una goccia?

    A - 0.04 ml C - 0.12 ml
    B - 0.06 ml D - 0.25 ml

    Esercizio 3.

    L’indice di massa corporea BMI (Body Mass Index) di un individuo è il rapporto tra il peso, espresso in kg, e il quadrato dell’altezza, espressa in metri. Si consideri un uomo adulto di peso 80 kg con un BMI pari a 30. Dopo una dieta dimagrante il BMI del soggetto, che ha perso N kg, si riduce a 24. Quale delle seguenti affermazioni è corretta?

    A - 13<N≤15 C - 17<N≤19
    B - 15<N≤17 D - 19<N≤21

    Esercizio 4.

    In condizioni di riposo la portata volumica QV dell’aorta è tipicamente di 3,5 l/minuto e la frequenza cardiaca è di 70 pulsazioni/minuto. Calcolare in tali condizioni la massa MS di sangue (rS = 1.05 103 kg/m3) che viene immessa nell’aorta ad ogni pulsazione:

    A - 52 g C - 5.2 kg
    B - 5.2 g D - 0.052 g

    Esercizio 5.

    Un’arteria di raggio r = 2,5 mm è parzialmente bloccata da una placca. Nella regione ostruita il raggio effettivo è reff = 1,8 mm e la velocità media del sangue è v = 50 cm/s. Calcolare:
    1. La velocità media u del sangue nella regione non ostruita
    2. La pressione equivalente Peq dovuta all’energia cinetica del sangue nella regione ostruita

    Esercizio 6.

    Ad un paziente viene somministrato un radiofarmaco contenente Iodio 131 (tempo di dimezzamento pari a 8.02 giorni).
    a. Quale è la vita media del radioisotopo?
    b. Il paziente deve rimanere nei locali della medicina nucleare per almeno 48 ore. Di quanto si sarà ridotta in percentuale l’attività iniziale?

    Esercizio 7.

    Descrivere brevemente UNO dei seguenti argomenti:
    1. Le leve del corpo umano
    2. La misura indiretta della pressione arteriosa con lo sfigmomanometro
    3. Le onde meccaniche e le onde elettromagnetiche percepibili dall’uomo

  • INFORMATICA

    Durante il corso saranno forniti diversi esercizi risolti che verranno pubblicati sul portale studium.unict.it.

    Esercitazioni pratiche in aula faciliteranno la comprensione delle tematiche affrontate.

  • STATISTICA MEDICA

    1) In due gruppi uno trattato ed uno controllo rispettivamente di 15 e 17 pazienti e medie di 20 e 30 è stata trovata una t di Student pari a 1,52.

    Il valore tabulato nella tavola della distribuzione t per alfa=0,05 è di 2,04.

    Quale delle seguenti affermazioni è vera.

    a. Il test è significativo

    b. il gruppo trattato è migliore del controllo

    c. la differenza tra i due gruppi è casuale

    d. Il valore P è < 0,05

    e. esiste una differenza reale tra i due gruppi

     

    2) Ripetendo 20 volte la determinazione del glucosio il valore medio è risultato 1,25 g/L con una deviazione standard di 0,052 g/L. Calcolare Il coefficiente di variazione: